Dopo la caduta dell'impero romano nel 474 d.C., Mendrisio subì la sorte di tutto il territorio italiano, percorso e saccheggiato da potenti armate straniere.
La ridda dei dominatori incominciò con i Longobardi, che dlla Germania penetrarono nell'Italia del nord dove fondarono un regno (da loro deriva il nome di Lombardia).
La memoria di quel dominio resta nel nome del Borgo. Infatti, secondo l'etimologia più attendibile, Mendrisio deriverebbe da Mendricus o Manricus, che era il capo della fara (unità familiare e militare) longobarda stanziata nel territorio del Borgo.     Le vecchie carte non smentiscono l'ipotesi: la prima volta in cui compare con il suo nome, nel 793, Mendrisio viene designato come "Mendrici" (più tardi: "Mendrixii), che deve essere un genitivo e presuppone che si sottintenda "fara", tanto che la dicitura completa dovrebbe essere "fara Mendrici" (fara di Mendrisio).
Nel 774 i Franchi sconfissero i Longobardi e divennero i nuovi dominatori delle terre lombarde (Mendrisiotto compreso); in seguito, nel 1170, Federico I, detto il Barbarossa, ristabilì l'autorità dell'impero e allora Mendrisio passò sotto il dominio di Como.