Il 29 giugno 1797 Napoleone proclamò a Milano la Repubblica cisalpina, fondata sui principi, cari alla rivoluzione francese, di uguaglianza, fraternità e libertà. La notizia che la Lombardia era libera giunse anche nei baliaggi ticinesi e diede vita a due schieramenti contrapposti: i cisalpini, o patrioti, persuasi che si potesse acquistare la libertà solo unendosi alla Repubblica cisalpina, e i federalisti, o volontari, che ugualmente aspiravano alla libertà, ma rimanendo legati alla Svizzera.
Le passioni sopite si scatenarono dopo i fatti accaduti a Lugano all'alba del 15 febbraio 1798, quando duecentoquaranta cisalpini, giunti in barca da Campione, tentarono di impadronirsi della città, ma vennero respinti dai volontari filoelvetici. La notizia giunse subito a Mendrisio e il giorno stesso venne issato l'albero della libertà, con il berretto dei Tell: era chiara la volontà di aderire alla Svizzera. Intanto un gruppo di notabili si recò a Palazzo Rusca per parlamentare con il Landfogto. Questi, l'ottantenne basilese Falkeisen, li ascoltò, dichiarò di condividerne le aspirazioni e addirittura scese in piazza del Ponte dove, con canti e balli, la popolazione festeggiava l'avvento della libertà.I comuni del Mendrisiotto furono subito invitati a designare i loro rappresentanti per un congresso generale che aveva il compito di eleggere il consiglio del governo provvisorio; intanto Basilea, a cui era affidato il baliaggio, faceva sapere di rinunciare per sempre ad ogni diritto di sovranità. La transizione verso la libertà sembrava potersi compiere in pace, e invece il 22 febbraio 1798 un drappello di patrioti entrò armato a Mendrisio e lo occupò senza incontrare resistenza: iniziò così il dominio dei cisalpini, puntellato da una truppa di centocinquanta soldati francesi. La popolazione, spaventata, si sottomise al nuovo potere, pur odiandolo.
Dopo la proclamazione della repubblica elvetica una e indivisibile, modellata sulla Francia rivoluzionaria, i deputati di Mendrisio e di Balerna, riuniti in congresso, manifestarono il desiderio di "essere costantemente Liberi e Svizzeri". I Francesi assecondarono la richiesta e il generale Brune, comandante in capo all'armata di occupazione, ritirò i suoi soldati da Mendrisio. E infine si volle democraticamente ascoltare il parere del popolo di Mendrisio il 6 giugno 1798; il risultato fu chiarissimo: 1810 cittadini si pronunciarono per l'adesione alla Svizzera, nessuno volle l'unione alla Cisalpina.