Nel 1803 il Ticino divenne libero e svizzero e già il 22 aprile a Mendrisio venne eletta la nuova Municipalità, che si mise subito al lavoro. La pace sperata dopo tante lotte però non venne, anzi nacquero attriti con la Francia che protestò con il Governo cantonale, perchè il Ticino non applicava in modo intransigente il blocco continentale contro l'Inghilterra, rivale di Napoleone. La tensione sfociò in un episodio drammatico: il 31 ottobre 1810, cinquemila soldati francesi del Regno d'Italia fondato da Napoleone occuparono Lugano e un loro distaccamento, guidato dal capitano Pavesi, giunse a Mendrisio. A malincuore la Municipalità accettò di alloggiarlo a Palazzo Pollini, trasformato in caserma, e di aprire un ospedale militare di fortuna, requisendo letti e coperte fra la popolazione. Tanta arrendevolezza è giustificata: si temeva infatti che Napoleone avesse l'intento di annettere il Ticino al Regno d'Italia, ma le sue mire espansionistiche vennero vanificate dalla disastrosa campagna di Russia, che lo vide sconfitto. Per questo motivo i Francesi rinunciarono a conquistare il Ticino e nel novembre 1813 lasciarono Mendrisio, che subito dopo accolse festosamente la truppa svizzera.