Già dall'inizio del Cinquecento i Cappuccini furono di casa a Mendrisio dove venivano, ascoltatissimi, a predicare la quaresima; per averli sempre con loro, nel 1588 i Mendrisiensi, con una generosità attestata da numerosi lasciti, si impegnarono a edificare un convento, anche se i superiori dei frati si opposero.

Questa chiesa, di juspatronato della famiglia Torriani, è molto antica: viene citata per la prima volta in un documento del 1276; una data più remota ancora, il 1233, potè essere letta nel 1559 dal priore don Bosia su una delle due campane.

È l'unica chiesa del Ticino dedicata a Cosma e Damiano, medico l'uno, farmacista l'altro; la scelta di questi due santi martiri può essere spiegata se si pensa che Mendrisio ha sempre avuto una nobile tradizione ospedaliera.

Si tratta della torre di uno dei tre castelli di Mendrisio; usata dapprima per la difesa militare, fu prolungata per servire da campanile alla parrocchiale a partire da un'epoca imprecisata fino al 1899, quando si abbattè la sopraelevazione.